O método típico de uso de isotretinoína é tomar uma dose de 0,5 a 1 mg/kg de peso corporal por dia, então a dose diária máxima é de 100 mg para uma pessoa de 2201b. Casos excepcionais podem exigir uma dosagem maior, chegando a 2mg/kg/dia. A dose diária em si é dividida em duas doses iguais, que devem ser administradas em dois horários diferentes do dia.
A isotretinoína também deve ser tomada com as refeições, não com o estômago vazio, pois os alimentos aumentam significativamente a absorção deste medicamento (refeições ricas em gordura têm o maior efeito na biodisponibilidade). O ciclo de tratamento típico, com duração de 15 a 20 semanas, geralmente é suficiente para resolver ou pelo menos controlar a condição do paciente. No entanto, se necessário, o médico poderá iniciar um segundo ciclo de tratamento. Isto deve ocorrer após uma interrupção de pelo menos dois meses do primeiro tratamento.